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但在弗朗西斯的年轻岁月里，他对此种危险并不知晓。12岁时，他被认为可以上大学学习了。这么小的年龄就被准许入学，是非常罕见的。
1573年3月的个早晨，伊丽莎白女王突然造访古汗堡的培根家。几个星期后，弗朗西斯就打点行李，进了剑桥大学。他没有去尼古拉爵士读过的基督圣体学院，而是去了亨利六世捐赠的剑桥大学三学院。亨利六世是弗朗西斯的外祖父。剑桥还是伊丽莎白受人尊敬的家庭教师罗杰·阿什凯姆先生读过的大学。当时，哥哥安东尼跟他起上大学，非常可能的是，弗朗西斯上大学，女王起了重要作用。
三学院院长亲自出门迎接两个孩子的到来，以表热忱的欢迎。有个叫约翰·惠特吉夫特的人，他是女王的宠臣，是个新教教徒。培根家的这两个孩子就直接归这位先生监管。他把两个孩子安排到自己房间的隔壁。这种特殊待遇，没有逃过其他学生的眼睛，称他们是“老师的小
宠物”。他们可能说得很对。几年后，这位惠特吉夫特先生就被女王擢升到全国最高宗教领袖的位置，成了坎特伯雷大主教。
尽管受到了特殊待遇，弗朗西斯却很不喜欢剑桥大学的生活。同学们都倾向于种“混乱不堪的生活”，酗酒，做很过分的事，却不热衷于获取智慧。甚至大学周围的环境，也让这位来自美丽而井然有序的古汗堡的学生失望至极。但他们很快适应了这种环境。他们与同学交往，也没出现什么问题，只是他们的身份有些特殊罢了。培根哥儿俩据说还很受同学们的欢迎，说他们俩很风趣，并能随机应变，拿出有趣的想法与建议。他们对于所学课程，都表现出非常认真的态度，弗朗西斯表现得尤其突出。他们对新学科表现出渴望，这些新学科都是那个世纪的后半叶才渐渐为人所知的。弗朗西斯感到，对这些问题的探究自己是责旁贷的。此时，他已经决定要“倾其全部所学，投身于家乡的建设”，他要利用所学，为“整个世界的变革”铺平道路。《穿透时间的人》的作者洛伦·埃斯利相信，虽然培根年纪很小，但他已经将个充满希望的未来设想好了。
这些野心与梦想是不是真的在培根年纪很小时就已经形成，我们不得而知，但他很快发现，鼓励他进行自由研究、自由判断的那些人，最终都被隔离了。在英国的大学里，几乎没有思想者的空间。后来他写道：“在当时的大学里，几乎没有人愿意自由地思考。”
实验科学开始在这个世界上露出端倪。培根与大海那边意大利的伽利略，都是这科学的预言家。此时哥白尼已经发现了天体运行轨迹，牛顿也将很快研究那个著名的
引发的经典力学定律，并证明亚里士多德的理论只不过是理论而已。教会的大人们如果再争论天使是不是能倒立在针尖上，就会受到讥笑。亚里士多德曾说过冰比水重，说过狮子崽出生时是死的其实是在睡觉，过几天才能活过来，说过大的物体比小物体下落时的速度快。而此时的人们已经不再迷信他说的那些话了。观察与实验是弗朗西斯所追求的切。如果实验没有任何结果，那么，他是不能相信其可靠性的。基于逻辑所进行的各种争论，那已经是古人玩的把戏了。只有“观察并看到”，才会对未来有用。他定要成为推动这个车轮朝前走的关键人物。
当然，他是对的。现代科学正是这样发展起来的。“智慧之人都已经被关进大学问家的地窖里去了——所谓大学问家就是那位学术独裁者亚里士多德——就像很多人被关进修道院和大学的地窖里样。”培根这样写道。剑桥大学太令他失望了。于是，他和哥哥安东尼提出申请，希望允许他们回到古汗堡的家里，不再继续读下去。另外，几次瘟疫大流行，也使得剑桥大学关门停学好几次。在那几次瘟疫，光伦敦个地方，就有-->>