最后，当时给事中的张问达上书弹劾，李贽从容自杀，所作被焚毁，一度被列为“禁书”，以此了结了“李贽时代”。在孔孟，朱程，阳明的徒子徒孙眼中，他是不折不扣的异端，邪徒，一直抨击的对象。

可他的想法，在朱栩看来，是商品经济发展到一定程度的一种体现，历史上再过十年，顾炎武等人的“进步”思想，很多都是受他的启发，“反对重农抑商”，“君轻民重”，“男女同权”等等，都能在李贽的著作中找到清晰的论述。